Joe Kelly commença à écrire des comics en 1995, quand il quitta le Stan-Hattan Project, un centre d'écriture conçu pour être une fusion de Marvel Comics et le Département d'Écriture Dramarique de NYU. Il écrivit peu après Deadpool, fort apprécié par les fans. Plus tard, il travailla pour DC Comics; il fut le scénariste des Action Comics pendant près de cinq ans. Joe participa à la fondation de la maison de production Man of Action aux côtés de Duncan Rouleau, Steven T. Seagle et Joe Casey. Joe Kelly fut l'auteur d'un grand nombre de comics, dont JLA, Steampunk, Daredevil, Space Ghost, Superboy, X-Men et plus de 50 numéros d'Action Comics. Joe a également écrit plusieurs épisodes de la série télé d'animation Ben 10 (produite par Man of Action).