années 1980 : Après ses études, il s'installe à San Francisco, où il débute des illustrations commerciales. Il travaille comme assistant d'un illustrateur dont le plus gros client était Lucasfilm.
Il travaille également avec Eclipse & DC, sur Phantom Lady et Miracleman avec Alan Moore, sous son vrai nom, qu'il abandonnera plus tard pour se dissocier du nom de famille de son père.
Il réalise également plusieurs comics pornographiques tels que Strips, WorldWatch ou encore Hardball.
A la fin des années 80, il dessine les cinq premières histoires de la mini-série (qui ne durera pas longtemps) Hero Sandwich, écrite par Dan Vado, et publiée chez Slave Labor Graphics.
: Il se dirige ensuite vers les jeux vidéos, en travaillant pour diverses sociétés sur des jeux comme Falcon, Star Trek, John Madden Football, Shockwave et Road Rash.
années 90 : Chuck quitte finalement San Francisco et le jeu vidéo pour s'installer à Los Angeles où il se consacre cette fois à l'animation et les séries télé.
En 1997, il devient coordinateur de production sur les six premières saisons de la série TV " King of the Hill ", avant d'en devenir directeur artistique.
2000 : Il crée avec son vieux pote Chris Moeller une série intitulée Tripping the Rift, dont le pilote obtint la première place du prestigieux festival d'animation Playboy. Tripping the Rift est à présent une des séries à succès de la chaîne Sci-Fi et la 2e saison est en route.
Mais l'industrie du comics le titille toujours. L'association du dessin et de l'écriture, ainsi que l'énorme liberté de création le font retourner aux super-héros, et c'est la même année qu'il commence une carrière chez Marvel Comics, avec la série U.S War Machine, qu'il écrit et dessine. Puis il illustre deux Elektra et écrit plusieurs épisodes pour des séries telles que Captain America, The Avengers, ou encore Uncanny X-Men (sa série la plus connue mais également la plus controversée).
2004 : Il quitte Marvel, à la suite d'un désaccord au sujet de sa série New X-Men, et passe chez DC Comics, où il travaillera sur des séries telles que Action Comics ou Superman, série sur laquelle il retrouvera, de la part des lecteurs, les mêmes controverses que sur X-Men, et que donc il arrêtera après le 10ème épisode.
La série Worlwatch, qu'il créera après avoir quitté DC, entraînera les mêmes critiques de la part de ceux qu'il surnomme lui-même les "Seven Deadly Trolls".
2005 : Le genre du comics le limite. De plus, Chuck Austen est fatigué des multiples controverses qu'entraîne son travail sur les superhéros.
Il rêve de créer er développer ses propres histoires. C'est chose faite avec La citadelle du vide, le premier tome de la série cyberpunk L'infini, publiée aux Humanoïdes Associés, et dessinée par Matt Cossin.
2006 : "Organic Transfer", prévu pour novembre, clôt la série "L'infini".
: Chuck vit actuellement dans les environs de Los Angeles avec sa femme, productrice de télévision, un chien, deux chats et une hypothèque sympathique qu'il doit alimenter régulièrement.